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水中的生物(主要是微生物)與人體健康關系密切，影響比較大的王要有細菌、病毒、致病原生動物，此外還有藻類、真菌、寄生蟲、蠕蟲等。

1.細菌

已發現飲用水中能引起腸道疾病的有:志賀氏（屬），是細商性痢疾的病原體；沙門氏菌(屬)，可致沙門氏菌病，它導致全身性較嚴重的疾患，引起毒血癥，感染肝、脾、膽囊等，還能導致腸壁潰瘍、出血、穿孔等；致病性大腸桿菌，可引起不同癥狀的腹瀉;軍團菌，可以使肺部受損，也可出現其他器官如肝、腎、心等受損，引起多種癥狀，死亡率較高;鉤端螺旋體，具有較強的侵襲力，可通過皮膚微小傷口、眼結膜、鼻和口腔黏膜侵入體內，引起黃疸出血、流感傷寒、肺出血等，鉤端螺旋體病爆發在世界上曾有多次報道；致病性弧菌(屬)，霍亂弧菌引起的霍亂是一種烈性消化道傳染病，此外還有麥契尼可夫弧菌、河弧菌、副溶血弧菌等均可致病；嗜水氣單胞菌，能產生外毒素、可溶性的血凝素，引起人類O、A、B型血紅細胞的凝聚，對人具有潛在的致病性;彎曲菌，以空腸彎曲菌最為常見，可引起輕重不等的腸炎;結核桿菌，是人和動物結核病的病原菌。

2.病毒

已有100 多種血清型腸道病毒在水體中檢出。其中包括脊髓灰質病毒，最常見的一種病毒，嚴重時可導致脊髓灰質炎(小兒麻痹癥)；柯薩奇病毒，可引起胸痛、腦膜炎等疾病；呼腸弧兒病毒(埃可病毒)，可引起胃腸炎、腦膜炎等疾病；非特異性病毒，有的病毒可引起呼吸道疾病和急性出血結膜炎，有的病毒可引起無菌性腦膜炎和腦炎等；腺病毒，能引起呼吸道疾病、眼部感染、胃腸炎等；甲型肝炎病毒，可引起病毒性肝炎，是一種典型而重要的水傳染病毒疾病。

3. 寄生蟲

可導致人類疾病的典型奇生蟲有：隱孢子蟲，由隱孢子蟲卵囊可引發隱孢子蟲病，是一種介水消化道傳染病，是胃腸炎的病原體，許多國家的飲用水衛生標準中將其列為控制指標；蘭伯氏賈第鞭毛蟲，進人水中的蘭伯氏賈第鞭毛蟲包囊可感染形成甲第鞭毛蟲病，該病是人類 10種主要寄生蟲病之一，臨床癥狀以腹瀉為主；溶組織性阿米巴原蟲，通過飲水途徑，阿米巴能在人體宿主內引發慢性傳染，引起阿米巴痢疾，最終發展成肝腫大，有時還能發展到其他器官。

4. 藻類

藻類污染是水體富營養化的結果，藻類在水中繁殖令水帶有腥味，使人產生惡心、嘔吐的癥狀。

對人體健康危害較大的是藍綠藻。藍綠藻中的一些藻類能產生微囊藻肝毒素，這是一種劇毒物質，對肝細胞有破壞作用，并能促進肝細胞癌變，是引起肝癌的危險因素之一。國外有報道，飲用有藻毒素污染的水導致家禽、家畜中毒死亡事件；有游冰者因接觸含藻毒素的水而引起皮炎、中毒性肝炎事件；透析病人因透析液中有藻毒素而死亡等。

飲用含有某種病原因子的水，就可能染上相應的傳染病。由于病原體的致病能力取決于侵襲性、活力、人的免疫力等，不存在容許濃度下限，人一旦感染，則在人體內迅速繁殖，故世界衛生組織(WHO）推薦飲用水的微生物指標是：腸道病原體以指示菌計，100mL 水樣中不得檢出埃希氏大腸桿菌或耐熱型大腸桿菌，不得含腸道病毒、病原性原蟲、 寄生蟲、蠕蟲，藍綠藻毒素的暫定值為 11μg/L。采用指示菌作為衛生控制指標是因為直接逐一測定致病因子是困難的。其他的指示菌還有糞大腸菌、類球菌等。